漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
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名侦探柯南：纯黑的恶梦
演员： 高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 林原惠美 绪方贤一 岩居由希子 高木涉 大谷育江 堀之纪 立木文彦 小山茉美 井上喜久子 木下浩之 茶风林 汤屋敦子 千叶一伸 松井菜樱子 榎本充希子 土师孝也 一城美由希 梁田清之 泽海阳子 志村知幸 佐藤美一 铃木琢磨 宇垣秀成 笠原留美 桃森李桃 大原沙耶香 半场友惠 武内健 东龙一 飞田展男 三石琴乃 池田秀一 古谷彻 天海祐希